Перші камені, що стали основою фортеці, заклали римляни приблизно в IV-V ст. Це був якісно оброблений вапняк, укладений відповідно до римських будівельних традицій. Ворота були зібрані з трьох монолітів і поставлені на кам’яній стіні, високо над землею. Таким чином, щоб потрапити в Анакопійську фортецю, доводилося користуватися приставними сходами. Помітити кам’яні сходи з внутрішньої сторони цитаделі, якими люди потрапляли у двір, можна й у наші дні.
Основні фортечні мури на Іверській горі були зведені наприкінці VII століття силами місцевих жителів та візантійців. Додатковий захист забезпечили 7 веж, збудованих з пологого південного боку гори. Анакопійська фортеця – рання в Абазгії.
У 736-737 pp. тут сталася унікальна у своєму роді Анакопійська битва. Арабський халіф з династії Омейядів і за сумісництвом великий полководець Мурван-ібн-Мухаммед з військом із 60 000 арабів обложив фортецю. На той час у цитаделі, під заступництвом абхазького князя Леона, ховалися грузинські царі Мир і Арчил. Анакопійську фортецю обороняли лише 1000 грузинських та 2000 абхазьких воїнів. Хоча шансів на перемогу практично не було, трапилося непередбачене: у лавах арабських загарбників розгорілася епідемія шлункової інфекції, яка за лічені дні занапастила 35 000 воїнів. Ще 3000 арабів віддали своє життя під час штурму фортечних стін. Залишки війська не змогли підкорити Анакопію. Наступний похід Мурвана – тепер уже через Абазгію до Візантії – також зазнав краху.
В 788 арабський воєначальник Сулейман-ібн-Ісам пішов на фортецю, розташовану на захід від Анакопійської, але похід провалився, тому в результаті до Іверської гори він не дістався.
У другій половині VII століття монахи з Греції збудували на вершині гори скромний храм. Культову споруду присвятили Пресвятій Богородиці на честь виявленої на схилі гори анакопійської ікони. Вважається, що вона мала чудодійну силу і допомогла в битві з арабами. У XI столітті церкву перебудували та освятили на честь святого великомученика Феодора Тирона. Інший храм було зведено на Іверській горі у VII-VIII ст.
Анакопійська фортеця має власне диво – невичерпну криницю з цілющою водою. Це місце приваблює віруючих та туристів. Криниця примикає до храму Пресвятої Богородиці, вона видовбана безпосередньо в скелі. Про те, як виникла така цистерна, висувається дві теорії. Згідно з першою гіпотезою, стародавні будівельники прорили водогін від Афонської до Іверської гір, через долину під річкою, а потім присипали його ґрунтом. Тоді вода потрапляє в колодязь за принципом сполучених судин. Якщо вірити альтернативній версії, то під будовами на вершині гори була вирита вирва, в якій накопичувалася дощова вода.
Головна Східна вежа з’явилася біля Анакопійської фортеці у середині XI століття. Вона складалася з 4 поверхів та використовувалася як спостережний пункт. Оглядова вежа вважалася останнім рубежем оборони.
У XIV столітті у цьому регіоні влаштувалися генуезці. Вони внесли свій внесок в архітектуру форпосту: додали дозорну вежу, облицьовану гладким каменем.
Новоафонські ченці зайнялися благоустроєм Анакопійської фортеці наприкінці ХІХ століття. Братія проклала кам’яну дорогу, вирівняла кам’яні тераси, збудувала каплицю, готелі, станції канатної дороги.
1990 року було засновано Ново-Афонський історико-архітектурний заповідник «Анакопійська фортеця».
2008 року завершилася реставрація Головної Східної вежі, приурочена до 15-річчя Дня Перемоги у Вітчизняній війні Абхазії.
