Зал “Анакопія”
Найнижча зала Новоафонської печери. Довжина – 150 м, ширина – 50 м, висота – понад 20 м. Тут знаходяться два підземні озера – Анатолія та Блакитне. Дзеркало озер лежить на позначці 36 м над рівнем моря, їхня середня глибина – понад 25 м. Колись рівень води в озерах піднімався, і води затоплювали більшу частину зали. Збереглися сліди цих повеней – темно-коричневі горизонтальні смуги від поверхні озер майже до стелі. Тепер печерні води виходять через водовідвідний тунель в ущелині Манікварської річки.
Зал Махаджіров
Найбільша зала Новоафонської печери названа на честь пам’яті махаджирів – абхазів, які були насильно переселені до Туреччини та країн Близького Сходу. Серед нагромадження темного каміння печери височіє Біла гора. Біля гори – білі стовпчики сталагмітів, трохи далі – темна западина з жовтими іклами вапнякових брил. Іноді тут можна побачити холодне мутне озеро.
Кальцитова підлога бічної галереї місцями розривається, і в отворах можна розглянути друге дно, яким майже безшумно біжить прозорий струмок.
Зал «Нартаа»
Зал покритий глиняними шарами. У найнижчій точці зали, на позначці 36 м над рівнем моря, знаходиться «живе» озеро печери – в ньому живуть колонії рачків. У тріщинах глиняної підлоги водиться жук триус, який не має очей. На південній стіні зали можна побачити химерні постаті з каміння. Біля зали «Нартаа» знаходиться Коралітова галерея, стіни якої вкриті коралітами – сніжно-білими кульками, що приліпилися до сотень тисяч.
Зал Спелеологів. Зал імені Гіві Смир
Зал «Спелеологів» – найвища зала печери, її висота сягає 97 м. Від круглого дна залу, заваленого брилами, вгору піднімаються стрімкі стіни, що на величезній висоті сходяться в купол. Кам’яне склепіння залу поцятковано безліччю тектонічних тріщин і овальними отворами. Це – розкриті древніми обвалами жерла карстових колодязів, звані «органні труби» – нижня частина карстових систем, якими до печери надходять вода і повітря. У цьому залі мешкають кажани – порівняно низька вологість повітря та помірна температура створюють для них сприятливі умови.
У південній частині зали Спелеологів – прохід у зал імені Гіві Смир, який розташований вище за інші зали печери. Підлога зали покрита застиглими хвилями вапняку кремового кольору. Найголовніша прикраса зали – чудова кам’яна медуза.
Зал «Аюхаа»
Протяжність зали з півночі на південь – понад 100 метрів. Уздовж темно-жовтих десятиметрових стін зали по всій довжині простяглися чорні горизонтальні смуги – заглиблення у скелі, заповнені глинистими частинками. Такі тріщини у вапняку відокремлюють древні нижні пласти від молодших верхніх. Але й ті й інші утворилися сотні мільйонів років тому. Зал прикрашають сотні сталагмітів із напівпрозорого помаранчевого та червоного кальциту.
Зал «Апхярця»
Цей невеликий зал має чудову акустику – розташування виступів і ніш у стінах і стелі створюють дивовижні умови для звучання музики. У залі звучить музика, іноді артисти Абхазької державної хорової капели дають концерти, виконуючи народні абхазькі пісні.
Зал «Апсни»
Перед входом до зали розташовується чотириметровий сталагміт, а в самій залі – незвичайний печерний «водоспад». З тридцятиметрової висоти з отвору у високій стіні «падає» величезний застиглий кам’яний вал. По гладкій поверхні кальцитових «хвиль» струмує вода. У цьому залі завжди є максимальна вологість повітря.
Геліктитовий грот
Грот відрізняється дивовижною красою рідкісних натічних форм. Стіна вкрита білим кальцитом, що іскристим, а на її тлі височіють помаранчеві, бузкові, зелені і жовті сталагміти. Узорчаста підлога складається з безлічі дрібних ванн з тонкими стінками. Це гури, залишки тут колись калюжок.
Головне багатство гроту – геліктити. Досі незрозуміло, чому ці загадкові печерні утворення зростають убік і вгору. Стеля грота покрита тисячами дрібних геліктитів різних кольорів – від темно-червоного до світло-рожевого. Деякі геліктити досягають понад 10 см завдовжки. Екскурсії в Геліктитовому гроті не проводяться, оскільки присутність людини змінює температуру та вологість повітря, що може призвести до загибелі унікальних утворень.
