Деякі археологи вважають, що Мачу-Пікчу був створений як священний гірський притулок великим правителем інків Пачакутеком за століття до завоювання його імперії, тобто приблизно 1440 року, і функціонував до 1532 року.
Орди іспанських конкістадорів дісталися нагір’я Перу, з легкістю зламавши спроби опору корінних племен. Однак Манко Капак II (1516-1544), також відомий як Манко Інка Юпанкі, честолюбний індіанець, не змирився з роллю придворного на службі в іспанської корони. Він зібрав загін із відданих йому воїнів і підняв збройний заколот проти іспанських окупантів. Однак сили були надто нерівні, і після кількох років кровопролитних боїв Манко Капак II із залишками своєї армії був змушений сховатися у неприступних високогір’ях Анд.
Високо в горах вони намагалися знайти місце, де можна було б закласти нове місто інків, поки не натрапили на плато між двома гірськими вершинами: «Молодою вершиною» (Уайна-Пікчу) та «Старою вершиною» (Мачу-Пікчу) – високо над дикими джунглями долини Урубамба. Манко Капак II назвав своє нове місто у надхмарному піднебессі Вилка-бамба, і тут підвладна йому імперія інків проіснувала ще 30 років, а місцезнаходження міста Мачу-Пікау було забуте. Коли Хайрем Бінгхем знову відкрив Мачу-Пікчу 1911 р., він оголосив, що виявив Вілкабамбу. Результати останніх археологічних розкопок ставлять під сумнів його висновки, проте давнє поселення, ідентифіковане як можливий Вілкабамба, було знайдено за 100 км на захід від цього місця.
Повне забуття Мачу-Пікчу також вкрите завісою таємниці. Зважаючи на все, інки залишили його раз і назавжди в 1532 р., коли місто захопили іспанські конкістадори. Джунглі швидко покрили обезлюділі руїни. Минуло майже 400 років, як його знову відкрили.